Embora seja geralmente aceito que
os cetáceos - baleias, botos e golfinhos - se originaram de mamíferos
primitivos nos primórdios do período Terciário (cerca
de 50 milhões de anos), as especulações sobre sua
exata origem evolutiva divergem consideravelmente, devido à escassez
de evidências fósseis que apenas recentemente foram enriquecidas
por novas descobertas na Ásia. Os mais antigos fósseis relacionados
às baleias, Protocetus, do Eoceno Médio (cerca de 50 milhões
de anos) indicavam uma origem em ancestrais carnívoros.
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Esqueleto
de um arqueoceto, Dorudon osiris, ancestral dos cetáceos
que viveu há cerca de 35 milhões de anos.
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As primeiras baleias “de barbatana”, ou seja, portando estruturas de retenção de pequenos organismos como alimento, em substituição a dentes, são conhecidas do Oligoceno Superior (30 milhões de anos). Muito embora as relações evolutivas sejam pouco conhecidas em detalhe, reconhece-se que a família Balaenidae, à qual pertencem as baleias francas, é a mais antiga dentre as grandes baleias atuais, com os registros fósseis mais distantes encontrados no Mioceno Inferior (cerca de 20 milhões de anos).
| O gênero Eubalaena (Gray, 1864) existe desde o Pleistoceno, significando que as baleias francas na forma aproximada da atual existem há cerca de 2 a 2,5 milhões de anos. A separação das espécies dos hemisférios Norte e Sul, este o habitado pela nossa Eubalaena australis, é comprovada em recentes estudos genéticos, estimando-se que tal divergência evolutiva tenha ocorrido entre 920.000 e 1.820.000 anos atrás. As primeiras menções específicas a baleias francas, referindo-se à espécie boreal hoje denominada Eubalaena glacialis, são do Século I, encontradas na Naturalis Historia de Plínio, o Velho, escrita por volta do ano 78 da era cristã e que menciona as baleias chamadas Balaena da costa da Espanha próximo a Cádiz, indubitavelmente baleias francas pela descrição feita por Plínio.
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